مهمترین چالش موجود در صنعت پسته کشور کاهش عملکرد محصول نسبت به سایر تولیدکنندگان عمده این محصول در دنیا میباشد. برای ارتقاء راندمان این محصول انجام تحقیقات کاربردی خصوصا در زمینه انتخاب مناطق مساعد برای احداث باغ های جدید، انتخاب ارقام و پایه های مناسب با توجه به شرایط اقلیمی منطقه، استفاده از سیستم های کاشت پیشرفته، شامل پرورش صحیح نهال و احداث اصولی باغات، تغذیه مناسب درختان پسته، سیستم های آبیاری مناسب با توجه به کیفیت آب مناطق پسته کاری، کنترل آفات و بیماری ها، اصلاح و معرفی ارقام جدید و در صورت لزوم بررسی سازگاری پایه و ارقام وارداتی جدید پسته و با پتانسیل عملکرد بالا که متناسب با شرایط اقلیمی و خاکی و آبی کشور باشند، ضرورت تام دارد.
درختان پسته به طور عمده از طریق پیوند ارقام مناسب تجاری بر روی پایه های متداول تکثیر می شوند؛ بنابراین در برنامه های اصلاحی توجه به اثرات پایه بر برخی صفات رویشی (مانند اندازه تاج) و زایشی (از قبیل میزان عملکرد، خواص کیفی و سال آوری) و نیز اثر پایه بر بهره مندی رقم از سطوح مختلف تحمل / مقاومت در مقابل تنش های غیرزنده (شوری، خشکی، سرمای دیررس بهاره و گرمای شدید) و زنده (آفات و بیماری های متداول)، از اهمیت خاصی برخوردار است. این موضوع سبب شده است تا اصلاح گران درختان میوه در برنامه های اصلاحی خود علاوه بر تولید ارقام جدید در تولید پایه های جدید نیز اهتمام ورزند.
امروزه تغییرات جوی و کاهش کمی و کیفی منابع آب و خاک از یک سو و تنوع ژنتیکی بی نظیر ذخائر توارثی پسته کشور از سوی دیگر، لزوم شناسایی، جمع آوری و بهبود ژنتیکی این ژرم پلاسم ارزشمند را در قالب برنامه های به نژادی هدفمند و به دنبال آن تکثیر منابع سالم و مطمئن پایه ها و پیوندک های متداول و برتر پسته جهت ارائه به کشاورزان بیش از پیش آشکار ساخته است.
