آفات، بیماری ها و علف های هرز از عوامل مهم خسارتزای مرکبات در مناطق مختلف جهان از جمله ایران هستند که در صورت عدم شناسایی پایش و مدیریت میزان خسارت آنها به مراتب افزایش خواهد یافت. در ایران بیماری های گموز، میوه سبز، شانکر باکتریایی، تریستیزای مرکبات و خشکیدگی سرشاخه از عوامل محدود کننده توسعه ی کشت مرکبات میباشند و اهمیت آنها در مناطق مختلف کشت مركبات (شمال و جنوب) متفاوت است.
پروانه مینوز، مگس میوه مدیترانه ای، شته ها، آلرودها، شپشک ها، سوسک گرده خوار مرکبات و کنه ها از جمله آفات مهم و خسارتزای مرکبات در ایران محسوب می شوند. علفهای هرز ضمن ایجاد خسارت مستقیم، با اتلاف آب به ویژه در مناطق خشک نیز همواره دارای اهمیت هستند. تاج خروس، سلمک، سس درختی و ارزن یک ساله از جمله علف های هرز مهم یک ساله در مرکبات کاری های ایران هستند.
علفهای هرز چند ساله مزاحم مانند قیاق، مرغ، اویارسلام، پیچک صحرایی و کنگر صحرایی بایستی قبل از ایجاد باغ جدید، کنترل و مدیریت شوند. با رعایت اصول مدیریت تلفیقی از جمله رعایت بهداشت باغ، فاصله کاشت، تنظیم آبیاری، مدیریت شیمیایی و بیولوژیک آفات، علفهای هرز و عوامل خسارتزای بیمارگر، میتوان خسارت این عوامل زیان آور را کاهش داده و عملکرد محصول را به بالاترین میزان افزایش داد.
